Dispositifs de prélèvement et de préservation de l'acide nucléique dans les selles Dx

Figure 2. Intégrité de l'ADN et de l'ARN totaux des selles isolés à partir d'échantillons de selles conservés. L'ADN et l'ARN ont été isolés à partir de 200 µL de selles conservées de 4 donneurs différents (voies A à D) stockées à température ambiante aux moments indiqués (ADN à 27 mois et ARN à 7 jours) à l'aide du kit d'isolation de l'acide nucléique des selles de Norgen (Cat. #45600). Ensuite, 10 µL des 75 µL d'acide nucléique élué ont été chargés sur un gel pour une analyse visuelle. L'ADN de selles à haute intégrité a été isolé à partir d'échantillons de selles conservés à température ambiante pendant 27 mois, et l'ARN à haute intégrité a été isolé à partir d'échantillons de selles conservés pendant 7 jours à température ambiante. La voie M est une échelle d'ADN HighRanger 1 kb de Norgen (Cat. #11900).

Figure 3. Surveillance de la stabilité de l'ADN de l'adénovirus (Ad5subE1) ajouté à des échantillons de selles conservés à l'aide du test PCR en temps réel TaqMan. Des échantillons de selles conservés ont été enrichie avec 6 x 109 pfu/mL d'adénovirus, et 200 µL d'échantillons ont été prélevés aux moments indiqués. L'ADN des selles a ensuite été isolé à l'aide du kit d'isolement de l'ADN des selles de Norgen (Cat# 27600). Ensuite, 2 µL d'ADN matrice provenant de chaque 50 µL d'élution ont été utilisés dans une réaction PCR de 20 µL pour détecter l'ADN de l'adénovirus. Il a été démontré que le conservateur de selles stabilise l'ADN de l'adénovirus jusqu'à 21 semaines à température ambiante, ce qui indique que les tubes de prélèvement et de conservation de l'acide nucléique des selles de Norgen constituent un système de transport d'échantillons sûr et pratique.

Figure 4. L'ADN des selles est stable dans une large gamme de températures. Les selles ont été prélevées sur un donneur sain à l'aide des tubes de prélèvement et de conservation de l'acide nucléique des selles de Norgen. Les échantillons ont ensuite été incubés à température ambiante (Fig. 3A) et à 50°C (Fig. 3B) respectivement. Ensuite, 200 µL de selles conservées et non conservées ont été prélevés aux jours 1, 2, 4 et 7, et l'ADN a été isolé à l'aide du kit d'isolement de l'ADN des selles de Norgen (Cat.# 27600). Enfin, 2 µL d'élution ont été utilisés dans 20 µL de réaction PCR en temps réel (SYBR Green I) en utilisant le système de détection PCR en temps réel CFX96 Touch (Bio-Rad). Les selles conservées ont généré des valeurs Ct plus faibles que les selles non conservées aux différents moments testés, ce qui indique la haute qualité de l'ADN conservé.

Figure 5. Stabilité des gènes humains et bactériens sur une période de 7 jours. Les gènes humains (GAPDH), Gram-négatifs (ADNr 16S) et deux bactéries gastro-intestinales Gram-positives ont été contrôlés à partir d'échantillons de selles conservés à température ambiante avec ou sans conservateur de selles Norgen. L'ADN a été isolé à partir de 200 µL d'échantillons de selles conservés, non conservés et frais au jour 1, au jour 2, au jour 4 et au jour 7 à l'aide du kit d'isolement de l'ADN des selles de Norgen (Cat. #27600). Ensuite, 2 µL d'élution ont été utilisés dans 20 µL de réaction PCR en temps réel (SYBR Green I) en utilisant le système de détection PCR en temps réel CFX96 Touch (Bio-Rad). Tous les gènes se sont révélés préservés et stables pendant 7 jours.

Figure 6. Regroupement hiérarchique des échantillons de selles au niveau du phylum dans différentes conditions de stockage. La composition microbienne des échantillons de selles conservés dans les tubes de prélèvement et de conservation de l'acide nucléique des selles de Norgen (Cat. 45630, 45660) ne diffèrent pas significativement de ceux des témoins (selles fraîches du jour 0 à la RT) sur une période de 2 jours, tandis que les échantillons de selles non conservés ont montré une distance dans le dendrogramme par rapport au profil original des selles.

Figure 7. Différence dans les 5 principaux micro-organismes abondants au niveau de l'embranchement par rapport aux selles fraîches (jour 0). L'abondance des Firmicuties, des Bacteroidetes et des protéobactéries de l'échantillon de selles conservé était plus élevée que celle des selles fraîches non conservées (NP) après 2 jours de stockage à température ambiante, ce qui indique que l'originalité du profil des micro-organismes de l'échantillon conservé est beaucoup plus proche de celle de l'échantillon de selles fraîches (jour 0).

Figure 8. Abondance relative des genres bactériens entre les échantillons de selles conservés et non conservés à température ambiante pendant 2 jours. Préserver l'échantillon de selles en utilisant les tubes de prélèvement et de conservation de l'acide nucléique de Norgen (Cat. 45630, 45660) ont montré une relativité proche de l'échantillon de selles fraîches (jour 0).

Figure 9. Corrélation entre les lectures métagénomiques bactériennes en double utilisant (A) des selles fraîches (jour 0) et des selles conservées à la température ambiante pendant 2 jours et (B) des selles fraîches (jour 0) et des selles non conservées à la température ambiante pendant 2 jours. Un R2 plus important a été observé pour les selles fraîches (jour 0) et les selles conservées, ce qui suggère une plus grande cohérence entre les échantillons de selles fraîches et les échantillons de selles conservées.